产品简介
EnrichedHeatmap 是一个专业的R语言工具包，用于生成富集热图。它能够直观展示组蛋白修饰等基因组信号在特定目标区域（如基因启动子）的分布规律，是解决生物信息学中信号可视化难题的利器，尤其适合进行表观遗传学研究的生物信息学分析师和科研人员。
核心功能
- 基于强大灵活的ComplexHeatmap包构建，易于自定义和组合
- 标准化基因组信号与目标区域的关联数据，生成矩阵
- 绘制清晰美观的富集热图，揭示信号分布模式
- 支持连续与离散信号值（如覆盖度、甲基化、染色质状态）的可视化
- 可轻松串联多个热图，展示不同数据源间的对应关系
快速开始
- 通过BiocManager或devtools从Bioconductor或GitHub安装EnrichedHeatmap包。
- 使用`normalizeToMatrix()`函数将基因组信号数据（如BAM文件）与目标区域（如基因TSS）归一化到一个矩阵。
- 使用`EnrichedHeatmap()`函数绘制单个富集热图，设置颜色、标题等参数。
- 使用`+`运算符将多个`EnrichedHeatmap`与普通`Heatmap`组合成一个热图列表。
- 使用`draw()`函数绘制整个热图列表，并可通过参数调整主热图和间距。
界面预览
与其他方案对比
| 对比项 | EnrichedHeatmap | 同类方案 |
|---|---|---|
| 定制与整合能力 | 高度灵活，基于ComplexHeatmap，可自由定制样式并轻松组合多个热图展示关联数据。 | 如ngs.plot、deepTools等工具功能强大，但生成的图表较为固定，自定义和整合多个数据源的操作更复杂。 |
适合谁用
- 进行ChIP-seq等实验，需要分析组蛋白修饰在基因启动子区域富集情况的生物信息学研究员
- 研究DNA甲基化模式，需要将甲基化数据与基因位置结合可视化的科研人员
- 希望发表高质量、信息丰富的基因组信号可视化论文的科研工作者
下载与版本
当前最新版本为 master，发布于 。支持 Windows、macOS、Linux。
⚠️ 注意：本项目仅提供源代码下载，不包含可直接运行的安装包（exe/dmg/apk 等。下载后需要自行编译构建才能使用，适合有一定开发经验的用户。如果你不熟悉编译流程，建议寻找同类开箱即用的替代方案。
注意事项
- 本工具仅供学习和研究使用，请遵守相关法律法规。
- 请尊重内容创作者版权，勿将下载内容用于商业或非法传播。
- 项目源码地址：https://github.com/jokergoo/EnrichedHeatmap