产品简介
cellxgene_VIP VIP 扩展了 cellxgene 的功能，为科学家和生物学家提供超过18种高分辨率图表、差异基因表达分析及CLI编程支持，适用于从单细胞RNA测序、空间转录组和多组学数据中提取深度见解。
核心功能
- 生成18种以上高分辨率图表，如violin、heatmap、volcano等
- 执行差异基因表达分析和基因集富集分析
- 支持CLI在Python和R中进行编程分析
- 支持多模态数据可视化，如空间转录组和10x Genomics Multiome数据
- 集成cellxgene框架，提供交互式可视化环境
快速开始
- 安装Anaconda环境
- 克隆cellxgene_VIP仓库到本地
- 运行安装脚本./install_VIPlight.sh
- 使用./VIPlight launch命令启动分析
界面预览
与其他方案对比
| 对比项 | cellxgene_VIP | 同类方案 |
|---|---|---|
| 图表类型数量 | 支持18种以上高分辨率图表，如violin、stacked violin、heatmap等 | 基础工具可能只支持少数图表类型 |
| 分析功能 | 提供差异基因表达分析和CLI编程支持，适合高级用户 | 可能仅限于基本可视化，无高级分析或CLI |
适合谁用
- 需要从单细胞数据中提取见解的生物学家
- 进行高级基因表达分析的计算生物学家
- 生成发表级图表的科研人员
下载与版本
当前最新版本为 v3.1，发布于 2024-02-27。支持 Windows、macOS、Linux。
⚠️ 注意：本项目仅提供源代码下载，不包含可直接运行的安装包（exe/dmg/apk 等。下载后需要自行编译构建才能使用，适合有一定开发经验的用户。如果你不熟悉编译流程，建议寻找同类开箱即用的替代方案。
注意事项
- 本工具仅供学习和研究使用，请遵守相关法律法规。
- 请尊重内容创作者版权，勿将下载内容用于商业或非法传播。
- 项目源码地址：https://github.com/interactivereport/cellxgene_VIP